Avant l’apparition des premières assurances sociales, les membres de la classe ouvrière et les personnes à faible revenu s’assurent principalement auprès de caisses de secours mutuels, opérant sous les formes les plus diverses : caisses d’entreprise, caisses professionnelles, communales ou régionales, caisses-maladie, caisses de pension ou caisses en cas de décès. En 1888, la Suisse compte 1085 sociétés de secours réunissant 209'920 membres pour une population totale de 2'846'102 habitants. Certaines personnes sont affiliées à plusieurs caisses. Il semble néanmoins que, dans les zones industrialisées, près d’un quart de la population appartient à une caisse de secours.

Lorsque le débat sur la création d’assurances sociales débute en Suisse dans les années 1880 (dans un premier temps, on prévoit d’instaurer une assurance-maladie et accidents), le nouveau modèle d’assurance concurrence les caisses de secours établies. Les relations entre partisans des caisses de secours mutuels et adeptes de l’assurance sociale étatique sont tendues et parfois conflictuelles. Si les caisses de secours mutuels souscrivent au principe d’assurance et préparent ainsi le terrain à l’avènement des assurances sociales, elles sont aussi en concurrence directe avec les projets de réformes étatiques. L’opposition des caisses de secours revêt une importance décisive dans le rejet par 70 % des votants du premier projet d’assurance-maladie et accident publique en 1900. Le projet adopté en 1912 est quant à lui favorable aux caisses de secours. Il ne prévoit pas de régime obligatoire et laisse aux caisses de secours la possibilité de continuer à se développer en toute liberté.

Les défenseurs de l’Etat social doivent effectuer un gros travail de conviction pour gagner la votation en dépit des nombreux obstacles. Afin de justifier la création d’assurances étatiques, autorités et experts invoquent fréquemment les pratiques peu scientifiques des caisses de secours. Les statisticiens, démographes et actuaires d’assurance évoquent régulièrement l’absence de bases actuarielles chez les caisses de secours mutuels. Dans le débat sur le fondement statistique et les bases de calcul des assurances, la Société Suisse de Statistique (SSS) joue un rôle prépondérant. Depuis sa fondation en 1864, la SSS s’intéresse de près aux questions d’assurance. Au milieu des années 1860, elle établit une statistique nationale du domaine encore lacunaire des caisses de secours mutuels, à la fois pour inciter les autorités publiques à s’engager davantage dans le domaine des assurances et pour vérifier la fiabilité technique des caisses. L’auteur de l’étude, Hermann Kinkelin (1832–1913), est professeur de mathématiques à l’Université de Bâle. Eminent défenseur de l’Etat social et consultant du Conseil fédéral, il critique vertement l’organisation des caisses de secours. Il réprouve la tenue des comptes parfois insuffisante et formule tout un chapelet de conseils techniques concernant, entre autres, la fixation de l’âge limite d’adhésion, le délai d’attente, la durée moyenne estimée des maladies, ainsi que les placements et le taux d’intérêt sur les recettes de primes.

Une autre voix critique au sein de la SSS, Johann Jakob Kummer (1828–1913), directeur du Bureau fédéral de statistique de 1873 à 1886, et plus tard chef du Bureau fédéral des assurances, est l’un des pères fondateurs des statistiques sociales suisses. Kummer estime qu’il incombe à la statistique et aux statisticiens de mettre les caisses de secours mutuels sur la bonne voie. Christian Moser (1861–1935), le doyen des sciences actuarielles de Suisse, premier mathématicien actuariel au service de la Confédération dès 1891 et professeur extraordinaire en mathématiques et technique des assurances à l’Université de Berne à partir de 1901, critique également les caisses de secours mutuels. En 1912, Moser refuse sa nomination au poste de directeur du nouvel Office fédéral des assurances sociales.

Au cours des années 1870 et 1880, la polémique opposant les statisticiens et les caisses de secours prend de l’ampleur. Le conflit est clairement mis en évidence par la deuxième statistique des caisses de secours élaborée par Kinkelin sur mandat de la SSS. Son rapport publié en 1887 est encore beaucoup plus critique que le précédent, paru en 1867. Kinkelin déplore que seules 5 % des caisses-maladie établissent des calculs actuariels corrects. La critique concerne en premier lieu une forme particulièrement appréciée de caisses en cas de décès, les « caisses à un franc » (Frankenvereine), qui fonctionnent selon un modèle simple : à la mort d’un assuré, tous les membres de la caisse versent un franc aux survivants du défunt à titre d’indemnité unique. Ce type de caisse présente un défaut majeur : au fur et à mesure du vieillissement de leurs assurés, elles deviennent moins attrayantes pour les nouveaux adhérents. Le cercle des assurés a donc tendance à diminuer progressivement ce qui réduit l’indemnité versée aux survivants ou fait plonger la caisse dans une situation déficitaire. La plupart de ces caisses finissent par faire faillite. L’analyse du rapport de Kinkelin est impitoyable. Selon lui, ces caisses sont « forcément éphémère et sont vouées à disparaître tôt ou tard ». De manière générale, Kinkelin est pessimiste quant au potentiel de développement du modèle des caisses de secours mutuels: il estime que de petites caisses d’assurance en cas de maladie sont très défavorables et entravent massivement le développement du secteur des assurances dans son ensemble.

Mais les caisses de secours mutuels ont également leurs partisans. En 1899, par exemple, deux représentants réputés de la SSS s’opposent dans un différend portant sur une caisse de secours vaudoise : Vilfredo Pareto, un des pères fondateurs de la sociologie et professeur d'économie politique à l’Université de Lausanne, défend la caisse tandis que Kummer la critique sévèrement. La querelle éclate autour de la question de savoir si la gestion des comptes de la Fraternité vaudoise, une caisse en cas de décès de taille moyenne, est techniquement correcte ou non. La Fraternité vaudoise, créée en 1872, se trouve confrontée à des difficultés financières vers 1880 parce qu’elle ne parvient à pas à trouver suffisamment de nouveaux membres. Malgré des réformes, la situation financière de la caisse reste précaire. En 1895, elle charge Pareto de vérifier sa structure organisationnelle. Il recommande quelques changements techniques de portée limitée, dont l’introduction d’une cotisation annuelle pour les membres, mais aucune modification structurelle. Pour lui, les garanties techniques revêtent une importance secondaire, parce que la Fraternité vaudoise est avant tout une organisation philanthropique. Pareto félicite les membres de la caisse qui font preuve de courage et d’esprit d’initiative, deux vertus qu’il considère essentielles au « bien-être et à la grandeur d’une nation ». Or, Johann Jakob Kummer et les autres représentants fédéraux ne se contentent pas de ces qualités, Kummer traite même la Fraternité vaudoise de « caisse irrationnelle ». Il estime que ce type de caisse est voué à l’échec à moins d’établir ses calculs selon les principes actuariels des compagnies d’assurance-vie professionnelles.

A long terme, la critique des caisses de secours mutuels porte ses fruits. Un nombre croissant de grandes caisses sont gérées conformément aux techniques statistiques et adoptent des méthodes mathématiques reconnues. Parallèlement, le modèle des caisses de secours survit ; certaines agissent soit comme organes d’exécution dans le cadre des régimes obligatoires de l’Etat social, soit en complément aux institutions d’assurance publiques. Les institutions privées exercent donc une fonction importante au sein de l’Etat social suisse, en particulier en ce qui concerne l’assurance en cas de maladie et de vieillesse (caisses de pension).