Au début du 21e siècle, une centaine de caisses de compensation sont actives en Suisse. Ces institutions se chargent de l'administration au quotidien de l'Assurance vieillesse et survivants (AVS), de l'Assurance invalidité (AI), de l'assurance perte de gain en cas de service militaire ou de maternité (APG) et des allocations familiales. Les caisses de compensation assurent la perception des cotisations de ces différents programmes auprès des personnes salariées, des indépendants et des personnes non actives et se chargent du versement des prestations financières liées à ces assurances. Les caisses de compensation sont des institutions juridiquement indépendantes. La Caisse centrale de compensation, basée à Genève depuis 1948, sert de lien entre les différentes caisses. Elle tient la comptabilité centrale des cotisations récoltées par toutes les caisses et des prestations que ces dernières distribuent. Elle tient aussi un registre central des personnes assurées et recevant des prestations. En résumé, les caisses de compensation sont aujourd'hui un rouage clé de l'exécution des politiques sociales.

Les premières caisses de compensation sont fondées durant l'Entre-deux-guerres en Suisse romande par des patrons liés aux milieux chrétiens-sociaux. En 1938, huit caisses sont ainsi chargées d'organiser sur une base mutuelle le versement d'allocations familiales pour un cercle restreint de bénéficiaires (environ 12.000 personnes). Ce système s'inspire d'expériences similaires développées à plus grande échelle par les patrons français et belges durant les années 1920 et 1930. Les caisses de compensation permettent d’octroyer de manière ciblée des prestations sociales au lieu d’augmenter les salaires et favorisent l'émergence d'une politique sociale patronale indépendante de l'Etat et des syndicats. Cette volonté d'autonomie est également présente dans les milieux chrétiens-sociaux qui s'opposent à l’intervention de l'Etat en matière de politique familiale. Ce mélange d'action patronale et de principes chrétiens-sociaux se nourrit aussi des idéaux corporatistes (vision organiciste de la société et critique de la démocratie libérale), alors très en vogue au sein de la droite romande.

Entre 1938 et 1940, la généralisation des caisses de compensation à l'échelle nationale est intimement liée au développement de l'Assurance perte de gain pour les soldats mobilisés (APG). En quelques mois, l'Union centrale des associations patronales suisses met en place un réseau de plusieurs dizaines de caisses de compensation gérées par des associations patronales ou professionnelles. A ces institutions patronales s'ajoutent par la suite des caisses cantonales et fédérales. En assurant dès le départ le contrôle les organes d'exécution des APG, les associations d'employeurs parviennent à limiter l'intervention de l'Etat et des syndicats. En supervisant les flux de cotisations et de prestations, les patrons limitent la diffusion d’informations statistiques trop précises au sujet des rémunérations et des salaires versés. Les caisses de compensation jouent également un rôle fondamental dans la consolidation de la discipline interne des organisations patronales. Leur caractère obligatoire permet en effet de renforcer la cohésion et l'action collective des employeurs.

La structure institutionnelle des APG et leur financement par cotisations salariales servent de modèle et de base pour l’Assurance vieillesse et survivants (AVS). Dès 1948, les caisses de compensation APG sont chargées de tâches liées à la mise en place des retraites fédérales, puis, dès 1960, de l’assurance invalidité. Après 1945, les associations patronales régionales créent également de nombreuses caisses de compensation pour gérer les régimes d'allocations familiales régis par des lois cantonales introduites entre 1943 et 1966, puis dès 2006, par une loi fédérale.

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